Ο ναός των Αγίων Αποστόλων είναι κτισμένος στον τύπο του σύνθετου σταυροειδούς εγγεγραμμένου ναού με τρούλο. Έχει νάρθηκα στη δυτική πλευρά και στη νότια μεταγενέστερο χαγιάτι που στηρίζεται σε κτιστούς πεσσούς.
Ανατολικά εξέχει η πεντάπλευρη εξωτερικά αψίδα του Ιερού, ενώ δεν διακρίνονται οι μικρότερες αψίδες της Πρόθεσης και του Διακονικού, οι οποίες ανοίγονται στο πάχος του ανατολικού τοίχου. Στην ίδια πλευρά υψώνεται το κωδωνοστάσιο. Ο ναός καλύπτεται με στέγη από σχιστόπλακες, στο κέντρο της οποίας υψώνεται ο δωδεκάπλευρος τρούλος. Τις πλευρές του τρούλου κοσμούν βαθμιδωτά αψιδώματα, τα οποία επιστέφει οδοντωτή ταινία από πλίνθους. Ανάλογη ταινία κοσμεί τα έξι μικρά μονόλοβα παράθυρα που ανοίγονται στο τύμπανο του τρούλου καθώς και το γείσο, κάτω από τη στέγη του τρούλου. Ο βόρειος και ο νότιος τοίχος του ναού κοσμείται με σειρά τυφλών αψιδωμάτων με πλίνθινη επίστεψη.
Η κύρια είσοδος του μνημείου ανοίγεται στο νότιο τοίχο του κυρίως ναού. Αρκετά ενδιαφέρουσα είναι η εσωτερική διαρρύθμιση του μνημείου και κυρίως του Ιερού Βήματος, που καλύπτεται με καμάρες, ενώ τα πλάγια διαμερίσματά του (Πρόθεση και Διακονικό) διαχωρίζονται από τον κεντρικό χώρο με συνεχείς τοιχοποιίες στις οποίες ανοίγονται μικρές τοξωτές θύρες επικοινωνίας. Χαρακτηριστικό είναι το σύνθρονο των ιερέων με τον επισκοπικό θρόνο στο μέσο, το οποίο βρίσκεται στην κεντρική κόγχη του Ιερού, θέση που κατείχε πολύ παλαιότερα, κατά την παλαιοχριστιανική περίοδο (4ος-6ος αιώνα μ.Χ.). Η παρουσία του στο ναό των Αγίων Αποστόλων θα πρέπει να συνδέεται με τη λειτουργία του ως έδρα επισκοπής.
Ο ορθογώνιος χώρος του κυρίως ναού έχει την τυπική διαρρύθμιση ενός σταυροειδούς εγγεγραμμένου ναού. Στο κέντρο, τέσσερις εξάπλευροι κτιστοί πεσσοί στηρίζουν τον τρούλο και τις τέσσερις ψηλές καμάρες που σχηματίζουν το σχήμα του σταυρού. Τα πλάγια διαμερίσματα που δημιουργούνται ανάμεσα στις καμάρες και τους πλευρικούς τοίχους καλύπτονται με αβαθείς θόλους (φουρνικά).
Ο κυρίως ναός επικοινωνεί με το νάρθηκα μέσω τριών τοξωτών θυρών στο δυτικό τοίχο του. Ο νάρθηκας είχε και απευθείας επικοινωνία με τον περίβολο μέσω δύο θυρών στη νότια και τη δυτική πλευρά του. Από τις δύο θύρες, αυτή της δυτικής πλευράς τοιχίστηκε σε μεταγενέστερη εποχή. Ο νάρθηκας έχει ξύλινη οροφή, ωστόσο η σημερινή μορφή του πρέπει να είναι αποτέλεσμα μεταγενέστερης επέμβασης, αφού ενδείξεις στο ανώτερο τμήμα της τοιχοποιίας του (σήμερα καλυμμένες από την μεταγενέστερη οροφή), φανερώνουν ότι αρχικά πρέπει να καλυπτόταν από καμάρα. Τυφλά αψιδώματα κοσμούν τον ανατολικό και νότιο τοίχο του νάρθηκα.
Στα τέλη της δεκαετίας του 1990 στο μνημείο έγιναν εκτεταμένες εργασίες ανακαίνισης και αναστήλωσης από την Αρχαιολογική Υπηρεσία / 8η Εφορεία Βυζαντινών Αρχαιοτήτων, ενώ ο χώρος του νάρθηκα διαμορφώθηκε σε σκευοφυλάκιο όπου εκθέτονται εικόνες και κειμήλια του ναού, καθώς και αποτοιχισμένες τοιχογραφίες από το ναό του Αγίου Σώζοντος.
