Η μονή στη μακραίωνη ιστορία της δέχθηκε πολλές λεηλασίες και καταστροφές. Διέθετε πλούσια βιβλιοθήκη, αφού υπήρξε μεγάλο πνευματικό κέντρο, από την οποία ατυχώς λίγα βιβλία σώζονται σήμερα.
Στο Βυζαντινό Μουσείο Ιωαννίνων φυλάσσεται ένα χειρόγραφο ευαγγέλιο της μονής, γραμμένο το 12ο - 13ο αιώνα. Στο 16ο αιώνα, περίοδο ακμής της μονής, ανήκει η αργυρή επένδυση του ευαγγελίου, στην οποία σημειώνεται το έτος 1585 και τα ονόματα των δωρητών: Ματθαίος Προστέλνηκος, 'Ισαρης Σφράτζου και 'Ισαρης Οξιώτης. Ο τελευταίος δωρητής ταυτίζεται με τον "Οξιώτη εκ Πωγωνιανής", ο οποίος το 1568 είχε συμβάλει στην ανακαίνιση του καθολικού της μονής Γηρομερίου στη Θεσπρωτία.
Από τα κειμήλια της μονής αξιόλογη είναι η ξυλόγλυπτη δίφυλλη θύρα, η οποία είναι από τα λίγα σωζόμενα δείγματα της βυζαντινής ξυλογλυπτικής στην Ήπειρο.
Η διακόσμησή της διαρθρώνεται σε έξι τετράγωνα διάχωρα που περιβάλλονται από πυκνά αλυσιδωτά πλαίσια. Τα διάχωρα κοσμούν μορφές κάτω από κιονοστήρικτα τόξα: πάνω αρχάγγελος και ένθρονη Παναγία συνιστούν Ευαγγελισμό, στη μέση οι απόστολοι Πέτρος και Παύλος ολόσωμοι και κάτω αντωποί φτερωτοί λέοντες που παλεύουν με φίδια. Η θύρα χρονολογείται στην α΄ εικοσαετία του 14ου αιώνα.
Η θαυματουργή εικόνα της μονής φυλάσσεται σε προσκυνητάρι. Εικονίζει την Παναγία Βρεφοκρατούσα και φέρει την προσωνυμία Πωγωνιανίτισσα. Στην αργυρή επένδυση που την περιβάλλει υπάρχει μια ενδιαφέρουσα επιγραφή που αναφέρεται στην ιστορία της. Συγκεκριμένα αναφέρεται ότι η εικόνα κοσμήθηκε αρχικά από τους πρώτους κτήτορες της μονής. Το 1550 κάτοικοι της περιοχής της Πωγωνιανής κόσμησαν εκ νέου την εικόνα την οποία είχαν καταστρέψει αλλόθρησκοι. Το 1943 η αργυρή επένδυσή της κλάπηκε και η εικόνα πετάχτηκε, για να βρεθεί λίγο αργότερα σε ένα χαντάκι. Το 1948 κάτοικοι της περιφέρειας Κονίτσης και Πωγωνιανής φρόντισαν για την εκ νέου ανακαίνιση της εικόνας και την κατασκευή της επάργυρης επένδυσης.
Αξιόλογη είναι επίσης η φορητή εικόνα του Χριστού Ανεξίκακου, με σπάνια διακοσμητικά στοιχεία, όπως μάργαρο και χρυσόσκονη στο ένδυμα, καθώς και σταμπωτά μοτίβα στο πλαίσιο. Είναι έργο του ζωγράφου Παχωμίου, με χαρακτηριστικά από την τέχνη της Μακεδονίας και χρονολογείται στο α΄ μισό του 16ου αιώνα.
Άλλες φορητές εικόνες από τη μονή είναι η Έγερση του Λαζάρου και η Πεντηκοστή (από το δωδεκάορτο του τέμπλου, 17-18ου αιώνα), ο άγιος Ιωάννης ο Πρόδρομος (δεσποτική, 18ου αιώνα), τμήμα επιστυλίου τέμπλου (18ου αιώνα), η Οδηγήτρια πλαισιωμένη από τους Αγίους Δημήτριο και Γεώργιο έφιππους να σκοτώνουν αντίστοιχα το Σκυλογιάννη και το δράκο (19ου αιώνα) και ο Άγιος Νικόλαος (ρώσικη 19ου αιώνα).
