Λείψανα τοιχογραφιών υπάρχουν στο εσωτερικό της κεντρικής αψίδας. Κάτω από το παράθυρο της κεντρικής κόγχης υπάρχει η απεικόνιση δικέφαλου αετού με μαύρο χρώμα. Ο δικέφαλος αετός, έμβλημα της τελευταίας βυζαντινής δυναστείας των Παλαιολόγων, μετά την Άλωση, έγινε το κατεξοχήν πατριαρχικό έμβλημα. Τμήματα τοιχογραφιών, από τους κατεστραμμένους θόλους του μνημείου, κυρίως με μορφές αγίων εντοπίστηκαν σε πεσμένα τμήματα τοιχοποιίας κατά την αποχωμάτωση του μνημείου. Τα τμήματα αυτά συντηρήθηκαν από την Αρχαιολογική Υπηρεσία / 8η Εφορεία Βυζαντινών Αρχαιοτήτων και φυλάσσονται στο νάρθηκα των Αγίων Αποστόλων.